Balai Pengelolaan Sampah di bawah Dinas Lingkungan Hidup dan Kehutanan DIY sesuai dengan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 95 Tahun 2018 sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 71 Tahun 2023 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis, mempunyai tugas melaksanakan kegiatan operasionaL dan/atau kegiatan teknis penunjang dinas dalam pelaksanaan pengelolaan sampah tempat pemrosesan akhir regional piyungan.

Susunan organisasi Balai Pengelolaan Sampah :

1. Kepala Balai;
2. Subbagian Tata Usaha;
3. Seksi Sarana dan Pengembangan Kerjasama Pengelolaan Sampah ;
4. Seksi Pengolahan dan Pemrosesan Akhir; dan
5. Jabatan Fungsional.