Balai Perbenihan Kehutanan di bawah Dinas Lingkungan Hidup dan Kehutanan DIY sesuai dengan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 95 Tahun 2018 sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 71 Tahun 2023 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis, memiliki tugas melaksanakan teknis operasional Dinas bidang perbenihan tanaman kehutanan.

Susunan organisasi Balai Perbenihan Kehutanan :

1. Kepala Balai;
2. Subbagian Tata Usaha;
3. Seksi Pengembangan Perbenihan;
4. Seksi Sertifikasi Benih Kehutanan; dan
5. Jabatan Fungsional.