Balai Kesatuan Pengelolaan Hutan (KPH) Yogyakarta di bawah Dinas Lingkungan Hidup dan Kehutanan DIY sesuai dengan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 95 Tahun 2018 sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 71 Tahun 2023 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis, memiliki tugas menyelenggarakan pengelolaan hutan produksi dan hutan lindung untuk meningkatkan rasio pemanfaatan sumber daya hutan.

Susunan organisasi Balai KPH Yogyakarta :

1. Kepala Balai
2. Subbagian Tata Usaha
3. Seksi Perencanaan dan Reboisasi
4. Seksi Pemanfaatan Hutan
5. Jabatan Fungsional