Balai Taman Hutan Raya Bunder di bawah Dinas Lingkungan Hidup dan Kehutanan DIY sesuai dengan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 95 Tahun 2018 sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 71 Tahun 2023 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis, memiliki tugas melaksanakan teknis operasional Dinas dalam pengelolaan kawasan yang menjadi kewenangan Balai Taman Hutan Raya Bunder.

Susunan organisasi Taman Hutan Raya (TAHURA) Bunder :

1. Kepala Balai;
2. Subbagian Tata Usaha;
3. Seksi Perencanaan Restorasi dan Reboisasi;
4. Seksi Pemanfaatan Hutan; dan
5. Jabatan Fungsional.