Balai Laboratorium Lingkungan di bawah Dinas Lingkungan Hidup dan Kehutanan DIY sesuai dengan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 95 Tahun 2018 sebagaimana telah diubah dengan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 71 Tahun 2023 tentang Pembentukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi dan Tata Kerja Unit Pelaksana Teknis, memiliki tugas melaksanakan kegiatan operasional dan/atau kegiatan teknis penunjang Dinas dalam pelaksanaan pengujian parameter kualitas lingkungan.

Susunan organisasi Balai Laboratorium Lingkungan :

1. Kepala Balai;
2. Subbagian Tata Usaha;
3. Seksi Pengendali Mutu;
4. Seksi Pengujian; dan
5. Jabatan Fungsional.